תרגום יונתן הוא תרגום הנדפס בחומשים שבידינו תחת השם תרגום יונתן, אך כבר ידוע היה מזה מאות בשנים שייחוס זה בטעות יסודו. תרגום זה הוא תרגום ארץ ישראלי, שנקרא גם "תרגום ירושלמי". מישהו קיצר את התיבות "תרגום ירושלמי" כ – ת"י ובשל טעות, פענח מאן דהוא את ראשי התיבות האלה כ"תרגום יונתן" וכנראה שעשה זאת מאחר והכיר את תרגום יונתן לנביאים.
גם מקורו של תרגום זה בארץ ישראל, אך שאלת זמנו סבורה ביותר, מצד אחד, ניתן לזהות בתרגום זה יסודות קדומים ביותר כגון: ברכה למלך הורקנוס יוחנן ( 104-135 לפני הספירה ) אשר מלשונה עולה כי נאמרה בחייו של אותו מלך. אך מצד אחר יש בתרגום זה סימנים ברורים לאיחור, כגון: השמות הוא מעניק לנשותיו של ישמעאל: "עאישה" ו"פטימה", שמות המוכרים לנו מתולדות חייו של מוחמד, נביא האיסלאם.
נראה אפוא שהתרגום המיוחס ליונתן עבר כמה גלגולים וכמה עורכים, דבר שאירע בין שני התאריכים הנזכרים- תקופת החשמונאים ותקופת האיסלאם.
מבחינה ספרותית ומבחינת דרך התרגום שהוא נוקט, שונה תרגום זה מתרגום אונקלוס שוני רב. יש בו בוודאי אלפי תוספות על המקרא המתרגם, חלקן קצרות וחלקן ארוכות ומסועפות.
לעיתים אף כורע הפסוק תחת נטל התוספות שמוסיף עליו המתרגם עד שהוא אובד ונעלם.
חלק גדול מן התוספות האלה חסרות בספרות חז"ל ולהרבה מהן נודע אופי עממי מובהק.
בתרגום יונתן יש הרבה הלכות ואגדות, כאשר רוב האגדות הן מתקופת התנאים, ההלכות של תרגום יונתן מתאימות לאסכולה של רבי ישמעאל ולא לאסכולה של רבי עקיבא.
במחקר שנערך נמצאו בתרגום זה הלכות שאין להן הקבלה בספרות התורה שבעל פה שלנו, ולעומת זאת נמצאו הלכות שמקבילות לספרות הקראים.
עוד נמצא במחקר שיש כמאה ועשרים הלכות דחויות – הלכה של בית שמאי היא הלכה דחויה כיוון שפסקו לפי הלכת בית הלל.
התרגום היה חלק בלתי נפרד מהתפילה בבית הכנסת, ויש שורה של הלכות שקובעות איך לקרוא ולתרגם.
ישראל נצטוו לקרוא את הפרשה "שניים מקרא ואחד תרגום" – יקרא את הפרשה בלשון הקודש, אחר כך כל פסוק בתרגום ארמי, ואחר כך ישוב ויקרא את הפרשה בלשון הקודש.
קובצי התורה שבעל פה וסדריה כפי שנקבעו על ידי התנאים, לפי המסורת ניתנה גם תורה זו בהר סיני, לצד התורה שבכתב, המשנה כוללת מדרש, הלכה ואגדה.
אם כי בתקופת כינוסה עדיין נחלקו חכמים לגבי אופייה: איזוהי המשנה ? רבי מאיר אומר הלכות, רבי יהודה אומר מדרש, מקור השם בפועל הוא "שנה" – לימוד ושינון של התורה שבעל פה.
ואכן, תחילה נלמדו הדינים וההלכות בעל פה, וכך הועברו מאב לבנו ומרב לתלמידיו , אולם משנתרבו התקנות והדינים החדשים , בעיקר אלה שהוצבו כסייגים למנוע עבירות על מצוות קודמות, היה צורך להעלותם על הכתב כדי למנוע שתשתכח תורה מישראל בעקבות הכבדת עולו של השלטון הרומי. כך התחילו להתרכז קבוצות הלכתיות שנשתמרו בחוגים שונים – למשל דיני קדושה וטוהרה אצל הכוהנים והממונים במקדש.
בסידור המשנה עסקו התנאים, בארץ ישראל במאה ה- 1 לספירה בלט בהם רבי עקיבא "אבי המשנה" שעליו נאמר כי התקין מדרש, הלכות ואגדות.
עד להוצאתו להורג על ידי הרומאים הספיק רבי עקיבא לפרש הלכות קדומות להגדירן, להכריע במחלוקות ובהלכות קדומות.
תלמידי רבי עקיבא המשיכו את דרך ניסוחו, אם כי נתנו לדברים אינטרפרטציה שונה והכניסו למשנותיהם מדברי תנאים אחרים, הבולט שבהם היה רבי מאיר, שניסח את הדברים וסגננם "בלשון חכמים" בעברית שהושפעה מן הארמית, כפי שנהגה בישיבות בארץ ישראל.השלב הסופי של כינוס דברי חכמים ועריכת המשנה נעשה בארץ בידי רבי יהודה הנשיא, עיקר החומר נערך בשנת 200 ונחתם ע"י תלמידיו עשרים שנה מאוחר יותר. הוא גרע והוסיף למקורות שקיבל והכריע במחלוקות רבות, אף שינה את תוכן חלק מן המקורות שצירף. את מלוא כוח השפעתו שנבעה מהיותו משקם היישוב היהודי בארץ ישראל לאחר מרד בר כוכבא ואם בית הדין בסנהדרין גייס רבי יהודה הנשיא להכרעות אלה ולגיבושן הסופי.
המשנה היא הקודקס ההלכתי הראשון – מערכת משפטית שלמה, ספר שהוא רק ספר חוקים, הלכות. המשנה היא ספר משפטי ראשון המקיף את כל ההלכה היהודית.
